שפה וכתב
מרבית מגילות מדבר יהודה כתובות בעברית, אולם יש גם טקסטים הכתובים בארמית וביוונית, יש בערבית ומעט בלטינית.
עברית
מגילות מדבר יהודה הכתובות בעברית כוללות: טקסטים מקראיים, טקסטים שאינם מקראיים ומסמכים, כגון שטרי מכירה ומכתבים. בחלק מהטקסטים מצוין תאריך כתיבתם, אך רובם תוארכו על סמך ניתוח פליאוגרפי (חקר התפתחות הכתב), ולעתים על סמך בדיקות פחמן-14. טקסטים אלה מצביעים על חיוניותה של השפה העברית ביהודה בעת העתיקה.
רוב המגילות הכתובות עברית נכתבו בכתב "המרובע" ("היהודי") הנפוץ, בדומה לכתב העברי כיום. אולם, יש גם טקסטים שנכתבו בכתב עברי קדום, שהיה נהוג בימי הבית הראשון. מעניין שבחלק מהטקסטים הכתובים בכתב המרובע נכתב השם המפורש בכתב העברי הקדום. כמו כן, חלק מהמגילות כתובות בכתבי סתרים (קריפטי א, ב ו ג), שמשתמשים במערכת של סימנים המייצגים את האל"ף-בי"ת העברי.
החוקרים משתמשים לעתים קרובות במושג "עברית של קומראן" לתיאור ניב של עברית ספרותית. לחלק מהמגילות שנתגלו במערות קומראן מאפיינים ייחודיים, למשל שימוש בכתיב מלא (שימוש באותיות אהו"י לסימון תנועות), שחלק מהחוקרים מזהים עם "אסכולת הסופרים של קומראן". המסמכים שנתגלו במערות המפלט במדבר יהודה כתובים בשפה פחות ספרותית.
חלק מקטעי המגילות שנתגלו במערות המפלט היו במצב כה ירוד שקשה היה לקבוע אם נכתבו בעברית או בארמית. כתבי־יד אחדים ממערת קומראן, ובהם ספר חנוך וספר טוביה, השתמרו הן בנוסח העברי הן בנוסח הארמי.
ארמית (כולל נבטית)
השפה הארמית הייתה השפה הבין-לאומית במזרח הקדום בתקופת המקרא, והיא עדיין משמשת בקרב קהילות נוצריות מסוימות. בדומה למגילות הכתובות עברית, גם מרבית המגילות הכתובות ארמית נכתבו בכתב "המרובע" ("היהודי"). יש בטקסטים בארמית מגוון של ניבים: ארמית ממלכתית, ארמית יהודית ארץ ישראלית, ארמית נבטית וארמית נוצרית ארץ ישראלית.
ארמית ממלכתית – שפה זו שימשה במאות הז'–הג' לפני הספירה, ודוגמות לה אפשר למצוא בספרי המקרא עזרא ודניאל, וכן בפפירוסים השומרוניים מוואדי דליה.
ארמית יהודית ארץ ישראלית – שפה זו שימשה בין השנים 200 לפני הספירה – 200 לספירה, והייתה ככל הנראה השפה העיקרית ביהודה בימיו של ישו ובראשית הנצרות. שפה זו שימשה בין השנים 200 לפני הספירה – 200 לספירה, והייתה ככל הנראה השפה העיקרית ביהודה בימיו של ישו ובראשית הנצרות. במגילות מערות קומראן מיוצגים ניבי-משנה ספרותיים של שפה זו בכמה תרגומים של טקסטים מקראיים ובטקסטים שאינם מקראיים, כגון בראשית חיצונית, וכתב לוי הארמי במכתבי בר כוכבא ובפפירוסים מהמאה הב' לספירה שנתגלו במערות המפלט במדבר יהודה נשתמרה עגה שונה של הארמית היהודית ארץ ישראלית המשקפת כנראה את הלשון המדוברת באותה עת.
ארמית נבטית – שפה זו שימשה בממלכה הנבטית, שהשתרעה ממזרח ליהודה ומדרום לה, למן ראשית המאה הג' לפני הספירה. הארמית הנבטית קרובה לשפה הערבית, בעיקר באוצר המילים. דוגמות לטקסטים בשפה זו נמצאו בתעודות מנחל חבר וב"אוסף סיאל".
ארמית נוצרית ארץ ישראלית – דוגמות לשפה זו נמצאות בטקסטים אחדים שנתגלו בח'ירבת מירד.
יוונית
כל הטקסטים באוסף מגילות מדבר יהודה הכתובים ביוונית נכתבו ב"קוינה", הניב שהיה נפוץ בעולם ההלניסטי והרומי ובברית החדשה. במגילות ממערות קומראן זוהו 27 כתבי־יד ביוונית, ובהם כמה קטעים מקראיים ממערת קומראן 4, ושאריות מ 19 פפירוסים ממערת קומראן 7. מבין הפפירוסים ממערת קומראן 7 זוהו ספר שמות ואיגרת ירמיה (חיבור מתוך אוסף האפוקריפה). היו חוקרים שניסו לזהות חלק מהקטעים כשייכים לספר חנוך, אך אין הסכמה על כך. כמו כן, היו ניסיונות לזהות בקטעים אלה טקסטים מהברית החדשה, אולם ללא הצלחה.
מרבית כתבי-היד ביוונית ממערות מדבר יהודה הם פפירוסים מהתקופה הרומית. רובם נמצאו במערות המפלט מימי מרד בר כוכבא (132–135 לספירה). במצדה נמצאו תעודות מתקופת המרד הגדול שתאריכם קדום לנפילת מצדה בשנת 74 לספירה. בנחל חבר השתמר היטב תרגום ליוונית של מגילת התרי-עשר, שתוארכה למאה הא' לספירה. בוואדי מורבעאת נתגלה טקסט ראוי לציון הכתוב במבנה שירה ימבי.
לטינית
הפפירוסים בלטינית שנמצאו במצדה היו שייכים לחיילים הרומיים שהוצבו שם לאחר דיכוי המרד הגדול בשנת 74 לספירה. בפפירוסים יש תלוש שכר של אחד החיילים, רשימת ציוד לבית חולים, קטע ובו ציטוט מתוך האניאדה של וירגיליוס, וכן רשימה דו-לשונית של שמות יהודיים בלטינית וביוונית. כמו כן, קטעי מגילות אחדות הכתובות בלטינית נמצאו בוואדי מורבעאת, תאריכן במאות הא'–הב' לספירה.
ערבית
למעלה מ-100 כתבי־יד בערבית נמצאו בח'ירבת מירד, רובם מתוארכים למאות הז'–הח' לספירה. זהו האוסף הגדול ביותר של פפירוסים הכתובים בערבית שנתגלה מחוץ למצרים. בנוסף, בוואדי מורבעאת נתגלו חמישה טקסטים בערבית, הכתובים על נייר, ובהם קבלה, חוזה ושלושה טקסטים מאגיים מן המאה הי' לספירה.