لمحة تاريخية
كتبت غالبية مخطوطات صحراء يهودا بين القرن الثاني ق.م وحتى القرن الأول ميلادي. خلال هذه الفترة, تنافست عدة الفئات اليهودية على مكانتها في القيادة السياسية والدينية للشعب اليهودي. تعتبر مخطوطات صحراء يهودا من اهم المصادر التاريخية التي توضيح تلك القضايا التاريخيه ومصدر لدراسة العلاقات بين اليهود والعالم المحيط بهم خلال تلك الفترة.
تعكس المخطوطات مختلف التيارات في الديانة اليهودية والفلسفة الدينية المعقدة خلال فترة بيت الهيكل الثاني. وقد أحدثت هذه المخطوطات الكثير من التغييرات في فهمنا للعالم الذي منه خرجت الديانات اليهودية والمسيحية القديمة. حقا, بعض من نصوص دينية يهودية او مسيحية لم تكن ضمن المخطوطات, إلا ان المخطوطات تعكس آراء وعادات كثيرة التي تظهر في الكتابات اليهودية والمسيحية من فترات لاحقة.
ساد الإعتقاد, قبل العثور على المخطوطات من صحراء يهودا, على ان المجتمع اليهودي أبان فترة بيت الهيكل الثاني كان موحدا. وقد اعتمد هذا الاعتقاد على مصادر تاريخية من تلك الفترة مثل "يوسفوس فلافيوس" (يوسف بن ماتتياهو) وكتابات لمؤرخين من اليونان وروما القديمة, العهد القديم وكتابات الكهنة. لكن اكتشاف هذه المخطوطات مكن من أجراء دراسة مجددة حول تلك الأفكار, خاصة الفئات اليهودية من بينها المنفصلين, والصديقين والأيسيين.
توضح هذه المخطوطات الخلافات الجوهرية بين تلك الفئات, والتي تبرز بمعتقدات وعادات مختلفة. أن جميع الفئات اتخذت كما يبدو التوراة مصدرا مركزيا ومهما, إلا انه من الممكن انهم اختلفو فيما بينهم في فهم الكتابات الدينية. بالرغم من ذلك, تشير المخطوطات المصنفة "كعلمانيه" على وجود خلاف جوهري بين الفئات الدينية المختلفة وخصوصا في ترجمة التوراة والعمل وفقا لها. هذه النصوص تزيد معلوماتنا حول تفسير التوراة في العصور القديمة وتأثيرها على الأحداث التاريخية, الأعتقادات والعقائد والأيمان. تشير النصوص الى أختلاف الرأي في مواضيع فلسفية مثل مكانة الهيكل والكهنة, تحديد التقويم السنوي وفهم عالم الآخرة (بعد الممات).
حدثت الخلافات بين الفئات الدينية خلال فترة ذروة التوسعات للأمبراطورية اليونانية والرومانية, في ظل التدخلات الخارجية, ابتدأ من أحتلال الأسكندر المقدون حتى ثورة "بار كوخبا". كتبت غالبية المخطوطات خلال مائة عام لإستقلال الشعب اليهودي بقيادة الكهنة من عائلة الحشمونائيم. الخلافات السياسية الداخلية والخارجية زادت من الأعتقاد ان نهاية العالم قد اقتربت. وفقا لهذه الأحداث التاريخية كتبت المخطوطات ونمت النواة الأولى للديانة المسيحية واليهودية العلمانية.